본 발명은 매트릭스형 공구매거진(Matrix type tool magazine)의 공구 위치 설정 및 보정 방법에 관한 것이다. 테스트 공구를 이용하여 제1 공구홀더의 수직 수평방향 기준위치를 설정하고, 그리퍼에 프로브를 장착하고 제1 공구홀더의 기준 위치에서 제1 공구홀더의 곡선 경사부까지 거리를 측정하여 수평방향 기준거리로 설정하고, 상기 프로브를 이용하여 제2 공구홀더의 수직방향 중심 위치를 설정하고, 프로브를 이용하여 제2 공구홀더의 수평 방향 중심 위치를 설정한다.